经过一年的全面创建工作，生物工程系团委被共青团芜湖市委评为“2008年度全市红旗团委”，这是生物工程系团委继荣获“芜湖市青年文明号”窗口单位以来，再次获得市级集体荣誉称号。

自2008年初申报创建“芜湖市红旗团委”以来，生物工程系团委在院团委和系党总支的领导下，扎实开展工作。从制度建设、思想政治教育、组织发展、学生管理、志愿者服务等各方面全面提升管理水平、加大管理力度、深化基层工作，取得了一系列突出成绩，同时也为学院党委和系党总支深入学习实践科学发展观活动贡献了一份力量。5月3日晚，系团委书记沈克军老师以及相关学生管理人员应邀前往安徽师范大学南校区礼堂参加了由团市委主办的“青春礼赞”——纪念“五四”运动90周年大型文艺汇演暨“五四”表彰活动。