2008年10月29日至11月3日，由教育部生物技术类专业教学指导委员会主办的全国高职高专首届生物技术职业技能大赛在杭州浙江经贸职业技术学院举行，生物工程系代表队荣获三等奖。参加本次大赛的有来自己全国53所相关专业院校的代表队，总获奖面只有50%。该系为了准备此次比赛，5月份开始在系内进行选拔确定两位同学代表系部参赛，暑假期间将参赛选手送至蒙牛乳业马鞍山有限公司质检分中心培训学习两个月。本学期开学后又先后送他们去芜湖生物药业研发中心和芜湖市环保局进行实践操作训练。该系克服人手不够和实训条件不足的现实困难，安排三名专业教师利用晚自习和双休日等课余时间对两位参赛选手进行针对性的训练，为此次参赛取得较好成绩奠定了坚实的基础。同时该系相关专业教师还被邀请作为本次技能大赛的裁判之一，参与了本次比赛的全部制裁过程，获得大赛组委会的好评。
通过参加本次全国高职高专生物技术职业技能大赛，该系相关专业教师与全国同类高校的相关专业教师进行了很好的学习与交流，加强了彼此的了解，提高了自身的专业技能水平，同时增强了该系学生的竞争能力和实践动手能力。
